清代蒙古分為內屬蒙古與外藩蒙古。內屬蒙古各旗由朝廷任命官員治理，與內地的府、縣無異，如察哈爾、歸化城土默特、唐努烏梁海、阿爾泰烏梁海等。外藩蒙古各旗則由當地的世襲札薩克管理，處於半自治狀態。在外藩蒙古，以若干旗合為一盟，設正、副盟長，掌管會盟事宜，並對各旗札薩克進行監管。清代蒙古的盟是監察機構，並非行政區。
外藩蒙古又按其歸附清朝的先後分為內札薩克蒙古與外札薩克蒙古。內札薩克蒙古即內蒙古，於天命至康熙初年陸續歸附清朝，不但政治地位較高，還保留了一定的兵權。康熙中期以後陸續歸附的各部稱為外札薩克，無兵權，隸屬於當地的將軍、都統、駐紮大臣（西套蒙古二旗除外）。外札薩克蒙古中的喀爾喀四部後來成為外蒙古。
蒙古地區劃分為盟、部落、旗、佐，將各遊牧部落納入統一的行政體系之中。明清之際的蒙古原以部落（艾馬克）為單位，部落首領為「部長」（鄂拓克）或「汗」。清朝依照八旗的形式，將蒙古部落編為旗分，是為蒙古的基本行政單位。旗下設「佐」，即蘇木，相當於鄉。
| 中央 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 駐紮大臣 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 盟 | 盟 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 旗 | 旗 | 旗 | 西套二旗 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 佐 | 佐 | 佐 | 佐 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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